Desde tempranas horas de la mañana del miércoles 23 de enero, miles de personas se dieron cita en las principales avenidas de la ciudad de Panamá, para guardar un lugar y así poder ver de cerca al Santo Padre, que participó de la Jornada Mundial de la Juventud. El Airbus A330 de la compañía italiana Alitalia llegó al aeropuerto internacional de Tocumen a las 4:15 p.m., hora local, donde fue recibido por el presidente Juan Carlos Varela y su esposa. Esta es la segunda visita de un papa a Panamá, después de la visita de Juan Pablo II en 1983, en la que solo estuvo un día, y la primera de Jorge Bergoglio a este país centroamericano, al que han llegado miles de peregrinos para participar en la JMJ. Durante su visita al Istmo, el Papa Francisco se hospedó en la Nunciatura "Es una JMJ no solo de Panamá, sino de toda la región centroamericana. Una región en la que los jóvenes están sufriendo mucho y en este sentido el mensaje del papa para los jóvenes no solo es para los panameños, sino para todos los pueblos de la región", explicó el director interino de la oficina de prensa del Vaticano, Alessandro Gisotti a la agencia de noticias EFE.
El Gobierno estima que la JMJ, en la que participaron más de 100.000 peregrinos, generó 250 millones de dólares en ingresos y, aunque no ha informado oficialmente sobre los costos, distintos medios locales apuntan a que el evento demandará al menos 47 millones de dólares.
En esta visita, el Santo Padre tuvo varias citas durante su estadía. El jueves 24 se reunió con el presidente Juan Carlos Varela y con los obispos centroamericanos y, en la tarde, en la Cinta Costera se dio la apertura del encuentro con los jóvenes de 155 países, y en su reflexión a cientos muchachos dijo ”Necesitamos puentes, no muros”. El viernes 25 fue el día para los jóvenes ya que el líder de la Iglesia católica sostuvo un encuentro con privados de libertad del Centro de Cumplimiento de Menores Las Garzas de Pacora y luego hizo un viacrucis con la meditación de las 14 estaciones, representada por jóvenes de países de la región latinoamericana, que tuvo lugar en la Cinta Costera (Campo Santa María la Antigua), donde no fue indiferente en los temas como: El aborto, El maltrato y La violencia. El sábado 26 se ofició una misa en la Catedral Metropolitana, donde el papa Francisco hizo una bendición sobre el altar, luego lo ungió el Santo Crisma, además, puso las reliquias de San Martín de Porres y Santa Rosa de Lima; al medio día, Francisco tuvo una cena con los jóvenes en el Seminario Mayor San José, y en la tarde hizo una vigilia en el Campo San Juan Pablo II Metro Park.
Para el domingo, se ofició la homilía en Metro Park, luego se trasladó a la Casa Hogar Buen Samaritano, que acoge a enfermos con VIH y sida, y se reunió con los demás jóvenes presentes del Centro Juan Pablo II, del Hogar San José de las Hermanas de la Caridad y de la “Casa del Amor”, de la Congregación Hermanos de Jesús Kkottonngae. En la tarde, tuvo un encuentro con los voluntarios de la JMJ. Hacia las 6:00 p.m., hora local, tuvo una ceremonia de despedida en el Aeropuerto Internacional Tocumen de Panamá para luego iniciar su regreso al Vaticano.